Der Stiftungsrat des IQTIG ist unter anderem für die Genehmigung des Haushaltsplanes der Stiftung und des Instituts zuständig. Außerdem schlägt er dem Vorstand die Institutsleitung vor. Darüber hinaus bestellt er sechs Mitglieder des Vorstands und erteilt dem Vorstand Entlastung. Insgesamt hat der Stiftungsrat zehn Mitglieder - jeweils zwei Vertreter der Deutschen Krankenhausgesellschaft (DKG) und der Kassenärztlichen Bundesvereinigung (KBV), einen Vertreter der Kassenzahnärztlichen Bundesvereinigung (KZBV) sowie fünf Vertreter des Spitzenverbandes Bund der Krankenkassen (GKV-SV).

Der Vorstand des IQTIG erledigt die laufenden Geschäfte der Stiftung und führt die Aufsicht über die Institutsleitung. Bei allen seinen Entscheidungen beachtet er die wissenschaftliche und fachliche Unabhängigkeit des Instituts. Der Vorstand besteht aus insgesamt acht stimmberechtigten Mitgliedern. Sechs von ihnen werden für die Dauer von vier Jahren bestellt - jeweils ein Mitglied auf Vorschlag der Deutschen Krankenhausgesellschaft, der Kassenärztlichen Bundesvereinigung und der Kassenzahnärztlichen Bundesvereinigung, sowie drei auf Vorschlag des Spitzenverbandes Bund der Krankenkassen. Ein weiteres Vorstandsmitglied wird vom Bundesministerium für Gesundheit (BMG) benannt. Der Vorsitzende des Gemeinsamen Bundesausschusses (G-BA) ist ebenfalls Mitglied des Vorstands. Die Institutsleitung des IQTIG gehört dem Vorstand mit beratender Stimme an.

Der Finanzausschuss berät die Organe der Stiftung in finanzwirksamen Angelegenheiten. Er prüft den von der Institutsleitung vorbereiteten Haushaltsplan und den Jahresabschluss. Der Finanzausschuss besteht aus je einem Vertreter der Deutschen Krankenhausgesellschaft, der Kassenärztlichen Bundesvereinigung und der Kassenzahnärztlichen Bundesvereinigung sowie drei Vertretern des Spitzenverbandes Bund der Krankenkassen. Die Vertreter werden auf Vorschlag des Stiftungsrates vom Vorstand bestellt. Ein Vertreter des Bundesministeriums für Gesundheit hat ebenfalls ein Recht zur Teilnahme an den Sitzungen. Die Institutsleitung des IQTIG und der kaufmännische Geschäftsführer oder die kaufmännische Geschäftsführerin nehmen an den Sitzungen beratend teil.

Das Kuratorium des IQTIG besteht aus 30 Mitgliedern und bildet das breite Spektrum gesellschaftlichen Lebens in Deutschland ab. Ein Drittel der Mitglieder kommt aus dem Kreis der Träger des Gemeinsamen Bundesausschusses (G-BA). Ein weiteres Drittel wird von Organisationen entsandt, die nicht im G-BA vertreten sind. Das letzte Drittel stellen Sozialverbände, Patientenvertretungen und Selbsthilfeorganisationen für kranke und behinderte Menschen.

Der Wissenschaftliche Beirat besteht aus zwölf unabhängigen Sachverständigen und hat die Aufgabe, das Institut gemäß § 137a Abs. 5 SGB V in grundsätzlichen Fragen der externen Qualitätssicherung zu beraten.