Das IQTIG entwickelt als fachlich unabhängiges, wissenschaftliches Institut für den Gemeinsamen Bundesausschuss (G‐BA) Qualitätssicherungsverfahren (QS‐Verfahren) und beteiligt sich an deren Durchführung. Grundlage sind die „Richtlinie über Maßnahmen der Qualitätssicherung in Krankenhäusern“ – kurz QSKH-RL – und die „Richtlinie zur einrichtungs- und sektorenübergreifenden Qualitätssicherung“ – kurz Qesü-RL. Alle in Deutschland nach § 108 SGB V zugelassenen Krankenhäuser und alle Vertragsärzte sind daran gebunden.

Derzeit führt das IQTIG 26 QS‐Verfahren durch: 24 nach QSKH-Richtlinie, zwei nach Qesü-Richtlinie. Mit dem Verfahren Perkutane Koronarintervention (PCI) und Koronarangiographie ist Anfang 2016 erstmals ein sektorenübergreifendes Verfahren gestartet. Es betrifft Untersuchungen und Eingriffe an den Herzkranzgefäßen bei Patientinnen und Patienten, bei denen ein Herzinfarkt droht oder akut abgewendet werden soll. Am 1. Januar 2017 ist das sektorenübergreifende QS-Verfahren Vermeidung nosokomialer Infektionen – postoperative Wundinfektionen gestartet. Qualitätsgesichert werden chirurgische Eingriffe, die an Krankenhäusern (ambulant und stationär) oder durch niedergelassene Ärzte ausgeführt werden. Darüber hinaus werden bei allen teilnehmenden Krankenhäusern und Arztpraxen Daten für Indikatoren zum Hygiene- und Infektionsmanagement erhoben.

In der QSKH-Richtlinie wird nach „Indirekten Verfahren“ und „Direkten Verfahren“ unterschieden. Für „Indirekte Verfahren“ sind Datenannahmestellen auf Landesebene verantwortlich. Das können Landesgeschäftsstellen für Qualitätssicherung (LQS) oder Landeskrankenhausgesellschaften (LKG) sein oder Kassenärztliche Vereinigungen (KV). Sie erstellen dann zum Beispiel Auswertungen für die Krankenhäuser und führen Strukturierte Dialoge durch. Bei den „Direkten Verfahren“ werden die Daten direkt vom Leistungserbringer, also dem Krankenhaus, an das IQTIG zur Auswertung und Beurteilung versandt. Weitere Unterschiede sind die Fallzahlen oder die Zahl der dokumentationspflichtigen Krankenhäuser.
Die zwei neuen Verfahren nach Qesü-Richtlinie - Vermeidung nosokomialer Infektionen – postoperative Wundinfektionen und Perkutane Koronarintervention (PCI) und Koronarangiographie unterscheiden sich hiervon, da sowohl ambulante als auch stationäre Leistungserbringer einbezogen werden. Auch die für die Umsetzung erforderlichen organisatorischen Strukturen sind weiter gefasst. Auf Bundeslandebene (oder auch bundeslandübergreifend) werden durch die KVen, KZVen, LKGen und die Verbände der Krankenkassen einschließlich Ersatzkassen Landesarbeitsgemeinschaften (LAGen) gegründet. Zur Unterstützung bei der Durchführung ihrer QS-Aufgaben berufen die LAGen Fachkommissionen ein, die sich aus Experten aus dem ambulanten und stationären Bereich zusammensetzen. Diese Fachkommissionen helfen bei der Ergebnisbewertung und können empfehlen ob und wie das Stellungnahmeverfahren eingeleitet wird und setzen ggf. beschlossene QS-Maßnahmen um.

Die insgesamt 26 Verfahren sind nach inhaltlichen Schwerpunkten geordnet, gruppiert in derzeit 14 Verfahrensgebiete mit jeweils einem oder mehreren Verfahren. Für jedes Verfahrensgebiet ist vonseiten des IQTIG ein Team von zwei bis drei Mitarbeitern zuständig. Die Teams bestehen jeweils aus mindestens einem Arzt oder einer Ärztin, einer Gesundheitswissenschaftlerin oder einem Gesundheitswissenschaftler und einer Biometrikerin oder einem Biometriker. Jedes Team wird von einer Fachgruppe externer Experten beraten, die sich aus Fachleuten für den jeweiligen medizinischen Versorgungsbereich zusammensetzt. Diese Bundesfachgruppen bzw. Expertengremien unterstützen die Teams des IQTIG bei der Bewertung der Ergebnisse und den jährlichen Anpassungen der jeweiligen QS‐Verfahren.